El Complejo Federal de Condenados de Agote se ubica en el predio asignado al Ministerio de Justicia y Derechos Humanos en Mercedes, Provincia de Buenos Aires, tiene una superficie de 183 has y capacidad para 1128 personas.    
 

Su diseño y construcción requirió de una planificación exhaustiva para que el Complejo responda a los lineamientos establecidos por los siguientes estatutos:

• Constitución de la Nación Argentina.
• Reglas Mínimas para el Tratamiento de Reclusos de las Naciones Unidas.
• Ley de Ejecución de la Pena Privativa de la Libertad (Ley Nº 24.660).
• Reglamento de Comunicaciones de los Internos (Decreto N° 1136/97).
• Reglamento de Disciplina para los Internos (Decreto N° 18/97).
• Reglamento de Modalidades Básicas de la Ejecución (Decreto N° 396/99).
• Resolución Nº2892 MJSyDH de fecha 2 de Octubre de 2008
• Código de la Edificación de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires que es el Código vigente en la ciudad de Mercedes

Además, se tuvo en cuenta la necesidad de contar con establecimientos y edificios auxiliares al complejo carcelario, configurados y organizados de  forma tal que brinden protección a los internos y al personal, posean condiciones óptimas de seguridad y provean un espacio con condiciones dignas de alojamiento y trabajo por medio de las cuales se facilite la readaptación de los internos.